Tokyobörsens Nikkei 225-index sjönk 0,6 procent, medan det bredare Topix-index gick ned 0,4 procent.
Cykliska aktier tog stryk i en ny orosvåg för ökad smittspridning av covid-19 i Japan. Stämningen dämpades även av motvind för det japanska regeringspartiet LDP i lokalval.
På de andra ledande Asienbörserna var stämningen bättre efter förra veckans starka arbetsmarknadsstatistik från USA.
Taiwanbörsen steg 1,2 procent, medan Seoulbörsens Kospi-index steg 0,4 procent.
Shanghaibörsen låg på plus 0,2 procent i den avslutande handeln.
Hongkongbörsens Hang Seng-index följde med Tokyobörsen nedåt och låg på minus 0,6 procent i den avslutande handeln.