Det var någon gång under natten mellan måndag och tisdag som tjuven eller tjuvarna lyckades ta sig in i ett låst kontorsrum på skolan.
Det tömda kassaskåpet innehöll 200 000 kronor, enligt den anmälan som först lämnades in till polisen på tisdagen.
– Det visade sig senare vara en något mindre summa. Omkring 100 000 kronor, säger Jonas Essman som är administrativ chef på Rekarnegymnasiet.
Pengarna kom från skolkafeterian och skulle sättas in på banken.
Polisen har inga spår efter tjuvarna.
– Dörren saknar brytmärken. Det fanns ett öppet fönster i rummet men det sitter fem till sex meter över marken, säger Lars Ånestrand vid polisen.
Skolan kommer att se över sina kontanthanteringsrutiner som en följd av det inträffade, säger Jonas Essman.
– Det kommer vi att göra genast.