Upptäckten gjordes i torsdags och än så länge har man hittat kropparna efter 25, hittills oidentifierade, personer. Man har även hittat fem väskor som antas innehålla mänskliga kvarlevor.
Massgraven ska ha hittats på en övergiven farm i staden El Salto som ligger söder om Guadalajara. Grannar berättar att hundar ska ha grävt upp skelettdelar.
Kvarlevorna har nu fraktats till ett lokalt bårhus för att undersökas vidare.
Delstaten Jalisco har drabbats hårt av mord kopplat till organiserad brottslighet. I januari hittades minst 29 kroppar i en annan massgrav i Guadalajara, i december förra året hittades 50 kroppar och en månad dessförinnan hittades 31, också dessa i massgravar.
Mellan januari och november 2019 rapporterades det om närmare 2 500 mord i Jalisco, där de mäktiga kartellerna Nueva Generación och La Familia Michoacan, bland andra, är aktiva.