Iranska gränspolisen, som först upptäckte de döda, uppger att migranterna drunknat i en flod när de försökt korsa gränsen mellan länderna.
Afghanska myndigheter delar inte den uppfattningen och uppger att kropparna visar spår av tortyr. Myndigheterna ska nu utreda om den iranska gränspolisen kan ha varit inblandande i migranternas död.
Ytterligare sex migranter som ska ha färdats med gruppen saknas ännu.
Det finns mellan 1,5 och 3 miljoner afghanska flyktingar i Iran. Tiotusentals av dessa återvände till sitt hemland när covid-19 spreds som värst i Iran. Men nu när spridningen tycks minska och Iran börjat lätta på restriktionerna har flera försökt korsa gränsen in i landet.