Båten sågs senast vid en brygga i Läggesta på onsdagskvällen klockan 21.00.
Vid 08.00 på onsdagen hade farkosten avlägsnats trots att den varit förtöjd med kedja och hänglås.
– Målsägarens granne hade också förlorat sin båt. Men den påträffades senare i närheten, dock var motorn stulen, säger Yvonne Sjöö vid Strängnäspolisen.
Den fiskebåt som gått upp i rök betingar ett värde av 15 000 kronor.