50-årsjubiléet firas med ett specialavsnitt på nästan 80 minuter som heter The Day of the Doctor, Doktorns dag. Dessutom kommer det finnas ett officiellt firande i London under hela helgen med paneler och andra aktiviteter. De 20 000 biljetterna till evenemanget är redan slutsålda.
Matt Smith, som var den yngsta skådespelaren att ta sig an rollen som The Doctor, gör sitt näst sista avsnitt i rollen. Han har spelat doktorn i tre säsonger och lämnar över till Peter Capaldi på juldagen 2013.
Avsnittets synopsis berättar att det kommer att utspela sig både år 2013 och 1562. Troligtvis även i ännu fler tidsåldrar. Drottning Elizabeth I, Dalekar och Zygoner kommer att figurera. Det finns en inkarnation av Doktorn som vi tittare inte hittills har känt till, spelad av John Hurt. Han kommer att vara en av tre inkarnationer av Doktorn i avsnittet. Den nuvarande doktorn Matt Smith är som sagt med, samt den nuvarande följeslagaren Clara, spelad av Jenna Coleman. Dessutom återvänder den populäre David Tennant som den tionde doktorn med följeslagaren Rose Tyler, spelad av Billie Piper.
Avsnittet kommer att visas i cirka 80 länder i världen på biografer och tv-kanaler, bland annat i våra grannländer Finland och Danmark. I Finland har tv-kanalen Yle köpt in avsnittet och i Danmark kommer det att visas på biografer. Avsnittet kommer även att visas i Sverige, på biografer i bland annat Stockholm, Göteborg och Malmö.
Det har förekommit flera andra jubileumsavsnitt av Doctor Who. Det mest nämnvärda är från seriens tjugonde jubileum då de fem första inkarnationerna av doktorn var med. Men då den första Doktorn, William Hartnell, hade gått bort ersattes han av en annan skådespelare och Tom Baker, som hade lämnat serien efter sju år i rollen, tackade nej och syns bara i material från ett avsnitt som aldrig blev färdiginspelat. Trots det heter avsnittet The Five Doctors. Varje femårsjubileum har firats antingen med ett officiellt eller ett inofficiellt firande, men det femtionde jubileet kommer att bli det största hittills.