Branden började i ett förråd på cirka 100 kvadratmeter.
– Det var övertänt när vi kom och så stod det båtar bara några meter därifrån, säger räddningstjänstens styrkeledare Leif Andersson.
Ett område kring branden fick spärras av på grund av explosionsrisken från acetylen- och syrgastuber.
– Vi såg efter ett tag att de stod lutade mot väggen. Men dem fick vi bort för de var inte påverkade av branden direkt, säger Leif Andersson.
Det fanns också gasoltuber i byggnaden, men på dem hade säkerhetsventilen löst ut och släppt ut gasen i lagom tempo.
Trots en offensiv släckningsinsats gick byggnaden inte att rädda.
– Det brann ner helt och hållet, säger Leif Andersson.
Flera båtar som låg nära båthuset skadades också av hettan och lågorna. Den sista av räddningstjänstens bilar lämnade platsen vid fem på morgonen.
Polisen misstänker att branden är anlagd och har startat en förundersökning om mordbrand.
Under natten fick också Mariefredsstyrkan rycka ut till en bilbrand vid Läggesta station. Händelsen rubriceras som skadegörelse.