Organisationen arbetar med frågor rörande jordbruk och djurhälsa.
Enligt lokala medier sköts organisationens chef, Benoit Maria, till döds då han var ute och körde bil nära en by i nordöstra delen av landet, 85 kilometer från huvudstaden Guatemala city.
Vad som ligger bakom attacken är i nuläget oklart.
Den franska ambassaden i Guatemala uttrycker sin "bestörtning" i ett uttalande och uppger att den är i kontakt med Guatemalas myndigheter för att "se till att detta brott blir löst och att rättvisa kan skipas snabbt."