"Hamnen i Mocimboa da Praia intogs av terrorister i gryningen", uppgav den lokala nyhetssajten Moz24Horas på onsdagen.
Moçambiques armé bekräftade uppgiften och medgav att den lilla hamnstaden "har fallit". Armén tillade att ett fartyg tillhörande den tidigare presidenten Armando Guebuza skadades kritiskt i striderna.
Mocimboa da Praia ligger mindre än 80 kilometer syd om Afungi-halvön där en av Afrikas mest påkostade naturgasanläggningar är belägen. Stadens hamn är det främsta transportvägen för naturgasen.
Det extremistiska våldet i norra Moçambique har pågått sedan 2017, över 1 000 människor har mist livet i oroligheterna och 200 000 människor har enligt tidigare bedömningar flytt.