Vid insatsen i ett gränsområde mellan länderna förstördes en av extremisternas baser. Vapen, ammunition och kommunikationsutrustning beslagtogs också, uppger en ivoriansk militärkälla.
Insatsen går under namnet Komoé, efter den flod som flyter genom västra Burkina Faso och nordöstra Elfenbenskusten.
Extremistdåd i regionen har främst drabbat Burkina Faso, där omkring 900 människor dödats sedan 2015.