Beskedet kommer sedan talibanerna utlyst ett tre dagar långt eldupphör med anledning av id al-fitr, som markerar avslutningen på fastemånaden ramadan.
Ghani meddelar också att regeringen är redo att hålla fredssamtal med fundamentaliströrelsen och har beordrat regeringsstyrkorna att respektera eldupphöret.
Beslutet att frige fångarna fattas för att visa god vilja inför fredsprocessen i det krigshärjade landet, skriver Ghanis talesperson på Twitter.
I februari slöts ett avtal där talibanerna förbinder sig att Afghanistan inte ska utgöra en fristad för terrorister i utbyte mot att USA drar tillbaka sina trupper från landet.
Talibanrörelsen har dock fortsatt kriget mot de afghanska regeringsstyrkorna.