Beväpnade män tog sig i fredags in på ambassadområdet. Därpå rullade bulldozrar in och jämnade huset, som var under uppförande, med marken.
"President Nana Akufo-Addo har talat med (Nigerias) president Muhammadu Buhari och framfört sina ursäkter", skriver presidentkansliet i Abuja i ett uttalande.
I måndags kallade Nigerias utrikesminister upp Ghanas diplomatiska sändebud i Abuja för en förklaring, samt krävde att gärningsmännen skulle ställas inför rätta.
Motivet till händelsen är höljt i dunkel.