Han sågs som en sannolik kandidat i det kommande presidentvalet år 2022. Cisse blev kidnappad i mars när han valturnerade i norra Mali och släpptes först i oktober.
Fransk press uppger att han dog av covid-19.
Cisse har tidigare varit finansminister. I valen 2018 och 2013 kom han tvåa efter Ibrahim Boubacar Keita, som dock störtades i en militärkupp i somras. Militärjuntan gav Keita skulden för Malis ihållande säkerhetsproblem, orsakade av både islamister och av korruption på hög nivå.
Grannländerna pressade militärjuntan att lämna över makten till en övergångsregering som ska anordna val inom ett och ett halvt år.