Ratcliffe är känd som en trogen anhängare till president Donald Trump och det här är andra gången presidenten föreslår den konservativa republikanen.
Ratcliffe röstades igenom med siffrorna 49–44 och fick därmed fler nej-röster än någon annan chef på posten fått, rapporterar nyhetsbyrån Reuters. Röstningen följde partilinjerna där demokraterna röstade nej och republikanerna ja.
Chef för den nationella underättelsetjänsten var en post som inrättades tre år efter 11 september-attackerna för att ansvara för USA:s 17 olika underrättelsemyndigheter.
Det var i juli som Trump först föreslog John Ratcliffe, något presidenten fick dra tillbaka efter att både demokrater och republikaner ifrågasatt Ratcliffes kvalifikationer och att han skulle ha friserat sitt cv.