Det var i tisdagens möte mellan Kiel och Magdeburg som svensken fick kliva av planen efter att ha fått en motståndare över sig.
Enligt klubbläkarens prognos väntas Ekberg bli borta i sex till åtta veckor, vilket innebär att OS i Tokyo är i fara – men hoppet verkar inte vara ute.
"Jag kommer att göra allt jag kan för att i alla fall ge mig själv en chans att bli klar till OS, sedan får vi se hur det går under resans gång och om jag lyckas", säger han i ett uttalande.
Om stjärnan inte kommer till spel är det det andra olympiska spelet på raken som han tvingas stå över på grund av skada. Vid OS i Rio de Janeiro 2016 tvingades han lämna återbud efter att ha åkt på en fotskada strax innan spelen började.
Sveriges OS-trupp presenteras i nästa vecka.