Anledningen är coronarelaterad, men Niskanen har också avstått touren tidigare mästerskapssäsonger.
"Det skulle ha funnits förutsättningar för framgång, men samtidigt finns hälsoriskerna där. Jag bestämde mig för att fortsätta fokusera på säsongens huvudmål, VM (om två månader), och inte ta några risker", säger Niskanen i ett uttalande från förbundet, skriver svenska Yle.
Sedan tidigare har bland annat Norge meddelat att de inte skickar någon åkare till touren, medan Sverige gör det.
Tour de ski pågår 1–10 januari i de schweiziska och italienska Alperna.