I 60:e minuten fick Emil Forsberg lämna avbytarbänken på hemmaarenan. Tio minuter senare pricksköt han in Leipzigs segermål bakom Union Berlin-målvakten Andreas Luthe.
29-åringen tog emot passningen från Dani Olmo med vänsterfoten och kvickt därefter skickade han in 1–0-målet med högerfoten.
Målet gör att Leipzig är tvåa i Bundesliga, fyra poäng bakom Bayern München – som fick 1–0 borta mot Augsburg efter Robert Lewandowskis straffmål i 13:e minuten – och tre poäng före trean Leverkusen.
I botten prickade formstarke Matthew Hoppe in sitt femte mål på tre matcher – men för Schalke spelade det ingen roll.
Hemmamötet med Köln slutade med en ny förlust för jumbon i Bundesliga, 1–2.
Hoppe, den amerikanske 19-åringen, kvitterade till 1–1 i 57:e minuten, och det såg ut att kunna vara målet som förde klubben till åtminstone en poäng. Men det blev noll. På tilläggstid prickade Jan Thielmann in gästernas 2–1-mål bakom målvakten Ralf Fährmann.
För tio dagar sedan gjorde Matthew Hoppe tre mål i 4–0-segern mot Hoffenheim och såg då till att sätta punkt för Schalkes negativa trend med 30 raka ligamatcher utan seger.