Han skadade sig under en träning med det tyska U21-landslaget förra månaden och förväntades till att börja med bara vara borta några dagar.
16-åringen blev den yngsta spelaren att göra mål i en Bundesligamatch när han gjorde mål mot Union Berlin i december. Han är också den yngsta spelaren i Bundesliga och Champions League någonsin.
För Dortmund är det ett tungt tapp i jakten på att få spela Champions League-fotboll även nästa säsong. Laget har sju poäng upp till den åtråvärda fjärdeplatsen i Bundesliga, med sju omgångar kvar.