"Det har gått snabbt, men jag tvivlade inte ett ögonblick när jag fick samtalet", säger Hamrén till klubbens hemsida.
Kontraktet med Ålborg sträcker sig till sommaren 2023, med möjlighet till förlängning.
Hamrén har tränat Ålborg tidigare i fyra och ett halvt år, och gjorde klubben till dansk mästare 2008. Samma sommar lämnade han för norska Rosenborg, men blev i slutet av 2009 förbundskapten för Sveriges herrlandslag. Han slutade som svensk förbundskapten efter EM i Frankrike 2016.
Hamrén har varit utan uppdrag sedan han lämnade rollen som förbundskapten för Island 2020.
I Ålborg tar svensken över efter Lars Friis, som får sparken efter en misslyckad säsongsinledning. Efter nio poäng på lika många matcher i den danska ligan ligger laget näst sist.