Och 3-1-ledningen i halvtid stod sig matchen ut efter en mållös andra halvlek.
Malmköping U har startat med två raka segrar, efter 2-0 mot Gnesta i premiären.
Gästerna Malmköping U tog en tidig ledning. Ahmed Mawliid Ahmed gjorde målet, redan i tolfte minuten.
Laget gjorde 0-2 i 25:e minuten, när Willgoth Ek fick träff.
Malmköping U ökade också ledningen till 0-3 i 27:e minuten, när Melvin Brotö hittade rätt.
IFK Nyköping/Runtuna IK reducerade till 1-3 på tilläggstid i första halvleken, genom Nizami Hashimli. Andra halvlek blev mållös och matchen slutade med seger för Malmköping U med 3-1.
IFK Nyköping/Runtuna IK tar sig an Råby/Rönö i nästa match borta lördag 3 maj 13.00. Malmköping U möter Tun hemma fredag 2 maj 19.00.