Klubben fick vetskap om att supportern varit inblandad i rasism- och hatstormen mot de engelska landslagsspelarna Bukayo Saka, Marcus Rashford och Jadon Sancho efter söndagens förlust i EM-finalen.
Leyton Orient har en nolltolerans mot rasism och annan form av diskriminering och stänger av supportern i tre år.
"Klubben är extremt stolt över sin mångfaldiga historia", skriver klubben i ett uttalande.
Supportern kommer att få sina pengar för säsongskortet återbetalade.