Den 19-årige spanske tennisstjärnan – tidernas yngste världsetta på herrsidan – skriver på Twitter att han skadat höger ben på träning.
"Jag har jobbat så hårt för att nå min bästa nivå inför Australien, men oturligt nog kommer jag inte att kunna spela. Det känns tufft, men jag måste vara optimistisk, se till att bli återställd och se framåt", skriver han.
Med Alcaraz borta så kommer hans landsman, regerande mästaren Rafael Nadal, att bli förstaseedad i turneringen.
Nadal, 36, har vunnit 22 grand slam-turneringar i karriären, flest genom tiderna på herrsidan och jagas närmast av Novak Djokovic, Serbien, som har 21 titlar.